在Fiji中给手动分割的纤维束贴标签

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Process>Binary>Options勾选Black background确认后面生成的图以黑色为底。

Analyze>Tools>ROI Manager打开管理器把所有的分割数据导入，选中要上色的纤维束。

Edit>Selection>Create Mask创建蒙版。

然后将涂色的色卡设置为White。

在ROI Manager选中剩下的纤维束，点击More>Fill。

给创建的Mask设置阈值。Image>Adjust>Threshold

点击Analyze>Analyze Particles给图片上色，在Show下拉菜单中选择Overlay Masks。

可以选择将图中的标签去掉。Image>Overlay>Overlay Option取消勾选Show labels。

可以发现图中几个纤维束被划分为了同一个标签，需要将这几根纤维束分成不同的标签值。首先先选择Overlay>Flatten创建RGB图片格式，

然后在涂色的色卡中选择不同的颜色，选中重叠的纤维束，点击More>Fill填充颜色。

最后点击File>Save As将图片保存为PNG格式。